Fino al 1844, secondo alcuni documenti conservati all’interno dell’Archivio Vescovile di Assisi, la “Villa degli Angeli” era compresa nel territorio affidato alla parrocchia di San Pietro in Assisi. Alcuni abitanti di Santa Maria degli Angeli, però, già nella metà dell’anno seguente, fecero appello all’allora Vescovo, Monsignor Luigi Landi Vittori perché, sentendosi trascurati rispetto alle zone più vicine all’abbazia di San Pietro a causa della distanza dalla chiesa e perché non potevano recarsi ad Assisi specialmente nei periodi invernali per le intemperie, fosse creata una parrocchia e vi fosse mandato un pastore stabilmente.

Tra il 1845 e il 1846, durante la Visita Pastorale, lo stesso Vescovo di Assisi si accorse che la parrocchia di San Pietro non riusciva a soddisfare tutti i bisogni spirituali della valle, a causa della vastità del territorio e, rifacendosi alla volontà espressa anche dai suoi predecessori, scrisse a Roma per chiedere a Papa Pio IX l’autorizzazione alla creazione della nuova parrocchia.

Nello stesso tempo anche gli abitanti di Rivotorto fecero al Vescovo la stessa richiesta e, poiché le condizioni di Rivotorto erano molto simili a quelle di Santa Maria degli Angeli, cioè un territorio molto vasto gestito dalla Parrocchia di San Rufino in Assisi, Monsignor Landi Vittori decise di creare un’altra parrocchia nel santuario di Rivotorto.

Problemi organizzativi insorti successivamente con i frati Osservanti di Santa Maria degli Angeli resero più celere la creazione della parrocchia rivotortese alla quale furono destinati anche i fondi impegnati per quella angelana che non trovò compimento fino al 1849, anche per la crisi del governo pontificio durante i moti del 1948 e l’instaurazione delle breve Repubblica Romana sotto alla quale passarono per quell’anno, tutti i possedimenti dello Stato Pontificio, ivi compresi Assisi e l’Umbria.

Fu solo verso la fine del 1849 e grazie ad un benefattore di Ponte San Giovanni, che risiedeva da qualche tempo a Santa Maria degli Angeli, che il progetto di realizzazione della parrocchia angelana riprese il suo corso. Domenico Ferretti, questo il nome del benefattore, si impegnò a versare una somma annua di 120 scudi per il sostentamento della parrocchia, con la clausola che la stessa venisse creata all’interno della basilica di Santa Maria degli Angeli e che il parroco fosse sempre scelto tra i frati minori.

L’8 novembre del 1950, si giunse infine, non senza qualche attrito tra curia e frati, alla creazione della nuova parrocchia i cui confini furono stabiliti a nord dalla chiesetta di Maria Santissima delle Grazie e ad est dal complesso di Santa Maria Maddalena verso Rivotorto, senza però includerla. Ad Ovest e a Sud i confini erano definiti rispettivamente dal comune di Bastia Umbra e dalle parrocchie di Castelnuovo e di Tordandrea.

Al nuovo parroco venne riservata una stanza vicino alla portineria del convento e al di fuori della clausura, in modo che potesse accogliervi anche le donne che ne avrebbero avuto bisogno e che, altrimenti, non avrebbero potuto varcare la clausura. Alla parrocchia venne assegnato anche l’utilizzo di una campana grande del campanile della basilica affinché il popolo potesse distinguere a seconda del suono, le funzioni della basilica da quelle della parrocchia.

Primo parroco fu Padre Giacomo di Solero e la nuova parrocchia, come si evince dai documenti storici conservati nell’Archivio delle Curia di Assisi e negli Archivi della Porziuncola, fu intitolata a Santa Maria degli Angeli. Lo stesso primo timbro della parrocchia reca la legenda SIG(ILLUM) PAR(OECIAE) D(IVAE) MARIAE ANGEL(ORUM). In seguito, dagli anni ’30 del novecento, si cominciò ad indicare Sant’Antonio Abate come patrono della parrocchia poiché la stessa era stata stabilita nella cappella omonima. Oggi la parrocchia è nuovamente intitolata a Santa Maria degli Angeli, ma rimane nel popolo angelano, una profonda devozione verso Sant’Antonio Abate che scaturisce nella festa in suo onore e che si celebra la prima domenica dopo il 17 gennaio (quando la festività non cade di domenica).

Nello stesso anno di erezione della nuova parrocchia venne terminato anche il cimitero che sorgeva alla fine della piazza antistante la basilica (oggi non più visibile).

Nel 1857 venne costruito il battistero. Fino ad allora i nuovi nati continuavano ad essere battezzati nella Cattedrale di San Rufino in Assisi. Il nuovo battistero sancì una ulteriore separazione da Assisi e si cominciò ufficialmente a registrare i nuovi nati nella parrocchia di Santa Maria degli Angeli.

All’atto di fondazione della parrocchia di Santa Maria degli Angeli, il villaggio contava circa 1150 anime. Si trattava di una realtà sociale ed economica ancora rurale, in cui la maggior parte dei residenti erano coloni o muratori e non mancava una profonda povertà diffusa almeno nella metà delle famiglie.

L’erezione della parrocchia non si limitò a facilitare ai fedeli la pratica dei sacramenti. Gli stessi frati e non solo il parroco, si sentirono investiti della nuova responsabilità che li coinvolgeva nella vita parrocchiale e ben presto vennero creati nuovi spazi per le attività come il catechismo, le associazioni e le confraternite. La Villa cominciò a crescere e ad espandersi, si moltiplicarono le vocazioni religiose e si modernizzò lo stile di vita.

Una conseguenza immeditata dell’erezione della parrocchia fu la volontà di far rivivere le confraternite, prima tra tutte quella di Sant’Antonio Abate che era stata eretta con rescritto papale il 15 ottobre 1664.

In seguito nel 1855, per opera del nuovo parroco Padre Vincenzo da Castelplanio, fu istituita la confraternita della Buona Morte con lo scopo di assistere i moribondi, provvedere ai funerali e diffondere il culto dei morti.

Nel 1894, ad opera del parroco Padre Francesco Galli, venne stabilita la Confraternita di Sant’Antonio da Padova con lo scopo di accrescere il culto per il santo.